Micro-organismes et IA : le duo gagnant pour nourrir la planète autrement
Lors du salon Big 2025 organisé par Bpifrance, une conversation passionnante a réuni trois acteurs clés de l’innovation agroalimentaire française : Damien Paineau, directeur exécutif de Ferments du Futur, Rémi Peyraud, PDG de la start-up iMEAN, et Capucine Grandsir, représentante de Bpifrance. Leur sujet ? Une révolution silencieuse, invisible à l’œil nu, mais au potentiel colossal : celle des micro-organismes et de la fermentation, portée aujourd’hui par l’intelligence artificielle.
Une discussion qui remet au cœur du débat une question fondamentale : et si la clé d’une alimentation plus durable se trouvait dans l’infiniment petit ?
🌱 Les ferments, alliés millénaires devenus stratégiques
La fermentation n’a rien d’une nouveauté. Pratiquée depuis plus de 13 000 ans avant J.-C. sur le pourtour méditerranéen, elle a permis à l’humanité de conserver ses aliments bien avant l’invention du réfrigérateur. Pain, fromage, vin, yaourt, kimchi, miso… aujourd’hui encore, près de 40 % de notre alimentation est déjà issue de procédés fermentaires.
Mais ce qui change en 2025, c’est l’ambition : transformer ces savoir-faire ancestraux en leviers stratégiques pour la transition écologique. C’est précisément la mission de Ferments du Futur, programme public-privé lancé fin 2022 par INRAE et l’ANIA, financé à hauteur de 48,3 millions d’euros par France 2030, et mobilisant déjà 34 partenaires, dont des start-up, des PME et des grands groupes comme Danone, Bel ou Lesaffre.
L’idée défendue par Damien Paineau est simple : les ferments peuvent rendre notre alimentation à la fois plus sûre (meilleure conservation sans additifs chimiques), plus saine (production de nutriments, meilleure digestibilité) et plus durable (valorisation de co-produits aujourd’hui considérés comme des déchets).
🧬 Quand l’intelligence artificielle décode le vivant
C’est ici qu’intervient iMEAN. Fondée en 2018 à Toulouse par Rémi Peyraud et Lucas Marmiesse, issus des laboratoires d’INRAE, cette start-up de bio-informatique s’est donnée une mission vertigineuse : modéliser mathématiquement les organismes vivants, du microbe le plus simple aux interactions complexes entre plantes et micro-organismes.
Concrètement, iMEAN crée des « jumeaux numériques » d’organismes vivants, capables de prédire leur comportement sans avoir à multiplier les expérimentations en laboratoire. Les applications sont nombreuses : optimiser des procédés de fermentation industrielle, concevoir des micro-organismes de synthèse pour la biotechnologie, ou encore sélectionner virtuellement les plantes les plus adaptées aux défis climatiques et aux résistances aux maladies.
En combinant sélection génomique et modélisation prédictive, iMEAN annonce pouvoir réduire significativement la durée des programmes de sélection végétale tout en améliorant les rendements et la résistance aux aléas environnementaux.
🤝 Des données massives, un défi collectif
Mais exploiter le potentiel du vivant à cette échelle pose un défi de taille : celui des données massives. Un seul micro-organisme, c’est déjà un réseau moléculaire d’une complexité inouïe. Le modéliser, puis prédire son comportement dans un écosystème, demande une quantité phénoménale d’informations, de calculs, et surtout… de collaboration.
C’est précisément le pari de Ferments du Futur : créer une alliance public-privé où chercheurs, industriels et start-up partagent leurs données et leurs ressources pour aller plus vite. Un modèle que défend également Bpifrance, dont la communauté Coq Vert rassemble aujourd’hui des milliers d’entrepreneurs engagés dans la transition écologique.
⚡ L’IA au service de la planète… sans la desservir
Reste une question que les intervenants n’ont pas éludée : celle de la sobriété énergétique. Car si l’IA peut accélérer la recherche sur les solutions durables, elle est aussi, on le sait, énergivore. Les data centers nécessaires pour entraîner et faire tourner les modèles prédictifs consomment de l’électricité, beaucoup d’électricité.
Le débat est donc double : comment concilier puissance des modèles et sobriété environnementale ? Pour Rémi Peyraud, la réponse passe par des algorithmes plus efficaces, ciblés, et par une approche « orfèvrerie » — des modèles curés à la main plutôt que des IA généralistes gourmandes.
🍞 À retenir
- La fermentation est un procédé ancestral qui représente déjà 40 % de notre alimentation, mais son potentiel reste largement sous-exploité.
- Le programme Ferments du Futur, piloté par INRAE et l’ANIA, mobilise 48,3 M€ et 34 partenaires pour accélérer la recherche sur les micro-organismes.
- La start-up toulousaine iMEAN utilise l’IA pour modéliser le vivant et rendre l’agriculture plus productive, plus résiliente, et plus respectueuse de l’environnement.
- L’enjeu majeur reste de conjuguer performance des modèles et sobriété énergétique, pour que la tech verte tienne vraiment ses promesses.
🌍 Vers une agriculture vivante, intelligente et durable
Ce qui ressort de cette discussion, c’est une vision résolument optimiste : celle d’une transition agroécologique qui ne se fera pas contre la science et la technologie, mais avec elles. Les micro-organismes, longtemps ignorés ou craints, deviennent les alliés précieux d’une alimentation repensée. Et l’intelligence artificielle, utilisée avec discernement, offre les outils pour décoder leur complexité.
Un symbole fort, peut-être : pour nourrir 10 milliards d’êtres humains en 2050 sans épuiser la planète, il faudra sans doute moins s’appuyer sur la force brute de la chimie… et davantage sur l’intelligence du vivant.
Inspiré de l’intervention de Damien Paineau (Ferments du Futur), Rémi Peyraud (iMEAN) et Capucine Grandsir (Bpifrance) lors de la Bulle Le Coq Vert à Big 2025. Voir la vidéo complète sur la chaîne Bpifrance.
